بدأت فكرة إنشاء بطولة لأندية العالم على غرار البطولة الكبرى كأس العالم للمنتخبات في منتصف عام 1998 م تقريباً حيث طرح الاتحاد الدولي لكرة القدم ( الفيفا) هذه الفكرة وبدأ يبحث عن بلورتها بالتشاور مع الاتحادات القارية المختلفة.
وكان هناك معارضة قوية من أندية القارة الاوربية تحديداً لإقامة البطولة لازدحام جدول المنافسات ولكن اصرار الفيفا جعل البطولة تظهر للنور في بداية عام 2000 م.
كانت بدايات البطولة متعسرة جدا لاختلاف المواعيد للبطولات القارية وللمعارضة الاوربية ولم يقرر الاتحاد الدولي موعد وتاريخ إقامة البطولة إلا في اواخر عام 1998م .
ابلغت الاتحادات القارية بموعد البطولة وبعض المسابقات لا تزال قائمة مما جعل هناك تفاوت في الأبطال المشاركين كون بعض المسابقات لا تنتهي إلا قبل بداية البطولة بأيام.
طلب الفيفا من الاتحادات القارية ترشيح ممثلين لكل قارة للمشاركة في البطولة ومن بينها بالطبع الاتحاد الآسيوي. وكان الاتحاد الآسيوي يقيم 3 بطولات قارية هي كأس آسيا لأبطال الدوري وكأس الكؤوس الآسيوية وكأس السوبر الآسيوي.
وكان يشارك في ابطال الدوري الفرق التي نالت لقب الدوري في بلدانها قبل عام من البطولة أي ان بطل الموسم الحالي يشارك في البطولة بعد موسم وذلك بسبب إقامة البطولة في نفس توقيت إقامة بعض الدوريات المحلية. اما كأس الكؤوس الاسيوية فكان يشارك فيها الأندية ابطال الكأس في بلدانها فيما يجمع السوبر الاسيوي بطل آسيا لأبطال الدوري مع بطل آسيا لكأس الكؤوس الآسيوية في نهائي يقام من مباراتين ذهاب وإياب.
حينها قرر الاتحاد الاسيوي أن يكون بطل السوبر الآسيوي لموسم 98 هو المرشح لخوض غمار كأس العالم للأندية بعد ان تم تحديد وقتها ومكانها في يناير من عام 2000م في البرازيل.
وذلك لأن بطل ابطال الدوري لا يمكن معرفته إلا في نهاية عام 1998 وكذلك بطل الكأس ويقام السوبر الآسيوي في منتصف ديسمبر من العام الميلادي أي قبل ايام فقط بداية العام الجديد ولذلك رأى الاتحاد الآسيوي ان بطل السوبر لموسم 1999م لا يمكن ان يستعد بشكل ممتاز لتمثيل القارة في المحفل العالمي كون الفترة التي تفصل بين البطولة العالمية وبين نهائي السوبر تقدر بأيام قليلة جداً حيث تنطلق البطولة في 5-1-2000م.
كان نادي النصر السعودي قد حقق بطولة كأس الكؤوس الآسيوية فيما حقق بوهانج ستيلرز الكوري بطولة آسيا لأبطال الدوري وتم إبلاغ الناديين قبل نهائي كأس السوبر أن البطل سيمثل القارة في المحفل العالمي. و هذا الترشيح الذي يثار على انها محاباة امر طبيعي في كل البطولات حيث ان بطل الدوري في بلاده مرشح تلقائيا للمشاركة في بطولة القارة.. هذه هي القاعدة.
حقق النصر كأس السوبر وضمن رسمياً المشاركة في البطولة العالمية المستحدثة وبدأ يعد العدة لخوض غمار تلك المنافسة التاريخية.
ولم يكن النصر السعودي الوحيد الذي يمثل قارته بصفته بطل لعام 1998 بل ان معه بطل بطولة أوروبا للأندية 1998 ريال مدريد الأسباني وكذلك بطل الدوري البرازيلي لموسم 1998 وهو النادي المنظم كورينثيانز البرازيلي ومواطنة بطل الكوبا ليبارتادوريس 1998 فاسكو دا جاما البرازيلي
وشاركت 4 فرق اخرى بصفتها بطلة لعام 1999م بمجموع 8 فرق حيث نظام البطولة يفرض اللعب في مجموعتين وكل مجموعة 4 فرق و يلعب المتصدران على النهائي وأصحاب المركز الثاني في مجموعاتهم على المركزين الثالث والرابع.
ونجحت البطولة الاولى في البرازيل وحقق بطولتها فريق كورينثيانز البرازيلي.
كان نظام البطولة يعتمد على مشاركة 8 فرق منها اربعة تأهلت مباشرة فيما تم استضافة اربعة اخرى حيث تأهل النصر السعودي ممثل أسيا وبطل بطولة السوبر الاسيوي 1998 وبطل بطولة أوروبا للأندية 1998 ريال مدريد الاسباني وبطل الدوري البرازيلي 1998 والنادي المنظم كورينثيانز البرازيلي وكذلك بطل الكوبا ليبارتادوريس 1998 فاسكو دا جاما البرازيلي، فيما تم استضافة اربعة فرق اخرى لاكتمال عقد الفرق المشاركة وهي ممثل أوروبا وبطلها لموسم 98/1999 مانشستر يونايتد الإنجليزي و وبطل أوقيانوسيا 1999 ساوثملبورن الأسترالي. وبطل الكونكاكاف 1999 نيكاكسا المكسيكي. وممثل أفريقيا وبطل دوري أبطال أفريقيا 1999 الرجاء المغربي.
ولكن المعارضة الاوروبية لم تتوقف حتى بعد نهاية البطولة بل استمر الجدل خصوصاً مع مشاركة ناديين من اوروبا إلا أن الاتحاد الدولي لكرة القدم أصر على استمرار البطولة وهذه المرة في اسبانيا .
هذه النسخة من البطولة التي كان مقررا لها أن تقام في اسبانيا شهدت العديد من التغييرات حيث تم رفع عدد الفرق المشاركة من 8 الى 12 فريق وتم ترشيح كل من الهلال السعودي بطل كأس السوبر الاسيوي لعام 2000 وكذلك بطل السوبر الاسيوي لعام 1999 جوبيلو ايوتاوا الياباني وبطل الدوري الاسباني المستضيف للبطولة ديبرتيفو لاكرونيا وريال مدريد الاسباني بطل القارة الاوربية لموسم 99/2000 وبطل كأس الاتحاد الاوربي لموسم 99/2000 غلطة سراي التركي وبطل الليبرتادوريس لموسمي 99 بالميراس البرازيلي و2000 بوكاجونيور الارجنتيني وبطل افريقيا لعام 2000 هارتس اوف اوك الغاني وبطل كأس الكؤوس الافريقية لعام 2000الزمالك المصري وبطل الكونكاكاف لعام 2000 لوس انجلوس جالاكسي ووصيفه ديبورتيفو أولمبيا من الهندوراس وبطل اوقيانوسيا لعام 2000 ولونغونغ وولف الاسترالي. ووزعت الفرق الى 3 مجموعات كل مجموعة تضم 4 فرق.
وقد تغير موعد البطولة عن النسخة الاولى التي اقيمت في البرازيل حيث كان موعدها تلك النسخة بداية العام الميلادي في شهر يناير بينما كانت هذه النسخة تقام في منتصف العام وتحديدا في 28-7-2001م ولهذا رأت الاتحادات القارية ان يشارك فريقين كما هو واضح فهناك ابطال 99 وأبطال 2000 حيث يوجد متسع من الوقت للإعداد قبل بداية البطولة.
تصاعدت حدة الخلافات الاوروبية مع الفيفا خاصة أن وقت البطولة أصبح أطول من النسخة الأولى وهناك العديد من الاستحقاقات الاوربية بالإضافة الى حرب خفية ضد سيب بلاتر رئيس الفيفا فيما أعلنت الشركة الراعية افلاسها وتم إلغاء البطولة رسمياً بل ان فكرة كأس العالم للأندية كادت أن تنتهي عند اول بطولة اقيمت في البرازيل.
و بعد سنوات من التوقف عاد بلاتر مجددا لإنعاش هذه البطولة وتغيير نظامها بما يسهل مشاركة الاندية الاوروبية والبحث عن رعاة لها وحينها كانت هناك بطولة اخرى لكنها ودية تقام باشراف الفيفا في اليابان سنويا وهي كأس الإنتركونتيننتال او كأس تويوتا حيث كان اهتمام اليابانيين في كرة القدم تزايد في تلك السنوات وكانت شركة تويوتا ترعى البطولة وتمولها وتقام سنوياً في اليابان بين بطلي قارة اوروبا وقارة امريكا الجنوبية وكانت هذه البطولة محل اهتمام الفرق الاوروبية كونها مباراة واحدة فقط مقابل حوافز مالية ضخمة وهذا كان أحد أسباب معارضة الفرق الاوروبية لكأس العالم للأندية.
وخلال فترة بلاتر الثانية في رئاسة الفيفا نجح في الجمع بين البطولتين فتم الاتفاق مع شركة تويوتا على رعاية كأس العالم للأندية وإلغاء كأس الإنتركونتيننتال حيث اقيمت آخر نسخة من تلك البطولة في عام 2004م . وتم تصميم نظام مونديال الاندية بما يقلل من مباريات الفرق الكبيرة وتزامن ذلك مع تغيير نظام البطولات في الاتحادات القارية وعلى سبيل المثال في آسيا ألغيت كأس السوبر وتحولت بطولة ابطال الدوري إلى دوري ابطال آسيا فيما تحولت كأس الكؤوس الآسيوية الى كأس الاتحاد الآسيوي وروعي في مواعيد النهائيات اقامتها قبل كأس العالم للأندية بفترة كافية حيث تحدد وقت إقامتها في من العام الميلادي.وانطلقت النسخة الثانية من البطولة في11-12-2005م.
حددت الفرق المشاركة بستة فرق فقط وهم ابطال القارات ( اسيا وإفريقيا وأوروبا واقيانوسيا والكونكاكاف والليبرتادوريس) لعام 2005 واحتضنت النسخة الثانية اليابان وشارك فيها ابطال القارات حيث تأهل الاتحاد السعودي والأهلي المصري وليفربول الانجليزي وساوباولو البرازيلي و ديبورتيفو سابريسا الكوستاريكي وسيدني الاسترالي. وفاز في البطولة ساوباولو وكان ينص نظام البطولة على مباراة تجمع بطلي اسيا وإفريقيا وبطلي اوقيانوسيا والكونكاكاف والفائزان يلعبان مع بطلي اوروبا وأمريكا الجنوبية ( الليبرتادوريس) حيث يتأهل الفائزان منها للنهائي والخاسران يلعبان على المركزين 3.4
واستمرت البطولة على نفس النظام مع تغيير في عدد الفرق المشاركة حيث يشارك بطل دوري الدولة المستضيفة في النسخ اللاحقة واستمرت اليابان تستضيف البطولة لمدة 4 سنوات فيما استضافتها الامارات العربية مرتين قبل ان تعود لليابان من جديد في نسختي 2011 و2012. هذه قصة كأس العالم للأندية التي مازالت على هذا النظام حتى الآن.